Møkstrafjorden er ein fjord i Austevoll kommune i Vestland. Han har innløp mellom øyane Horgo og Møkster, som han er kalla opp etter, og strekkjer seg om lag 12 km søraustover, på vestsida av Huftarøy og nordsida av Selbjørn. I sør kjem Skoltafjorden inn frå vest.

Bekkjarviksundet mellom Huftarøy og Selbjørn. Møkstrafjorden ligg utanfor

Mellom Huftarøy og Selbjørn ligg Bekkjarviksundet, som vert kryssa av ei om lag 400 meter lang bru. På sørsida av sundet ligg Selbjørnsfjorden. Lunnøya ligg like nord for Selbjørn.

Horgefjorden ligg nord for Møkstrafjorden.