Salhusfjorden er ein fjord i kommunane Bergen og Alver i Vestland. Han ligg mellom Salhus i søraust og FrekhaugHolsnøy i nordvest og startar der Byfjorden, som kjem sør frå Bergen sentrum, møter Herdlefjorden som kjem nordvest frå. Både Byfjorden og Herdlefjorden kan reknast som fjordarmar til Hjeltefjorden.

Nordhordlandsbrua kryssar Salhusfjorden

Fjorden har innløp i sørvest mellom Galleneset på Holsnøy og Salhus. Frå her strekkjer han seg om lag 4 km nordaustover. Fjorden vert kryssa av Nordhordlandsbrua, som har ei lengd på 1,6 km, det neste lengste i landet etter Drammensbrua. Brua er ein del av E39 og går frå Klauvaneset ved Tellvik og over fjorden til Flatøy. Krossnessundet og Håøysundet ligg mellom Flatøy og Holsnøy og går nordover til Kvernafjorden og Radfjorden.

Salhusfjorden endar mellom Klubben i Knarvik i nord og Hordvikneset i sør. Frå her går Osterfjorden vidare nordaustover, medan Sørfjorden går søraustover.