68°03′09″N 13°14′29″E / 68.05250°N 13.24139°E / 68.05250; 13.24139 Skjelfjorden er ein fjord på Flakstadøya i Flakstad kommune i Lofoten. Fjorden strekkjer seg 7 km nordover til Indre Skjelfjord i botn av fjorden.

Fjorden har innløp mellom Grimsholmen i vest og Vindnesskaftet i aust. Øya Kunna ligg midt i innløpet like ved fiskeværet Sund som ligg på vestsida. Ytre Skjelfjord er ei anna grend som ligg på austsida, om lag halvvegs inn i fjorden.

Fv803 går på austsida av fjorden ut til Ytre Skjelfjord.