Vatnfjorden er ein fjordarm av Sunnlandsfjorden på nordsida av Austvågøy i Vågan kommune. Fjorden strekkjer seg 4,5 km sørover til botn av Blålyngpollen.

Fjorden har innløp mellom Båtneset i nord og Litløya i sør. Innløpet er eit smalt sund frå vest til aust, der grenda Vatnfjord ligg på nordsida. Aust for Vatnfjord går Nordpollen i Lofoten nordover. På austsida av Vatnfjorden ligg grenda Sandsletta.

Fv888 går langs austsida av fjorden.