Vatterfjorden er ein fjordarm av AustnesfjordenAustvågøy i Vågan kommune i Lofoten. Fjorden strekkjer seg 2,5 km vestover til Hellsetra.

Fjorden har innløp mellom Eldhusodden i nord og Kobbneset i sør. Vatterøya ligg midt i innløpet til fjorden. Halvvegs inn i fjorden kryssar E10 fjorden ved eit smalt sund. Innanfor sundet vert fjorden kalla Vatterfjordpollen.