Kvernesfjorden er ein fjord på sørsida av Averøya i kommunane Averøy, Kristiansund, Gjemnes og HustadvikaNordmøre. Fjorden har ei lengd på 22 km og går først søraustover langs den søraustlege delen av Averøya, før han snur sørvestover på sørsida og inn til Skjelvikbukta ved Eide i botn av fjorden.

Kvernesfjorden sett frå Bergsøya
Kvernesfjorden mellom Averøy og Kristiansund.

Fjorden har innløp i nord mellom Sildvolnes på Freiøya i aust og Leitet i vest og er i fortsetjing av Bremsnesfjorden som går nordover til Kristiansund. Sør for Frei ligg Flatsetøya der Freifjorden går austover. Tvers over fjorden for Flatsetøya ligg Kvernes, som har gjeve namn til fjorden, i det søraustlegaste hjørnet av Averøya. Frå her svingar fjorden sørvestover. På Averøysida finn ein grendene Strand, Rokset, Mek, Mork, Å og Rånes. Like sørvest for Rånes ligg Rånestangen, som markerer den sørlege grensa til Kornstadfjorden som går nordvestover på vestsida av Averøya.

På sørsida av fjorden ligg grendene Stokke, Røvik, Skjerset, Sevika, Krevika, Strand og Sorset. Inst i fjorden ligg Isingvågen og den mindre Skjelvikbukta. Her ligg kommunsenteret Eide i kommunen med same namn.

Fv279 går langs sørsida av fjorden, medan Fv274 går på nordsida.