Malnesfjorden er ein fjord på nordsida av Langøya i Bø i Vesterålen kommune i Nordland. Fjorden strekkjer seg 12 km sørover til Rise i botn av fjorden.

Grenda Utskor på austsida av den ytre delen av Malnesfjorden

Fjorden har innløp mellom fiskeværet Hovden i vest og Lyngøya i aust. Utskor er ei grend som ligg på austsida av fjorden og litt lenger inn stikk vågen Gjendskarbotn inn mot aust. Frå her vert fjorden smalare og går igjennom sundet Survikstraumen. Sør for sundet ligg grenda Grimstad på vestsida av fjorden. Litt lenger sør ligg eit nytt sund kalla Sundsstraumen. Her ligg bygda Sund på vestsida av fjorden, medan tettstaden Eide ligg på austsida. I Eide ligg Malnes kyrkje. Frå Eide stikk Risnesan ut i fjorden og området mellom dette neset og Sund lenger nord vert kalla Ramnesbugen. Sør for neset ligg botn av fjorden, som vert kalla Riskjosen. Inst i Riskjosen ligg bygda Rise.

Riksveg 820 går langs austsida av den inste delen av fjorden. I tillegg går fleire fylkesvegar langs fjorden. På vestsida er desse Fv915 og Fv917, medan Fv918 går langs nordsida ved Sund og Fv919 går austsida lenger ute.