Kvernafjorden er ein liten fjord nord for Flatøy i Alver kommune i Vestland, like vest for Knarvik. Fjorden ligg mellom Radfjorden, som er ein del av same fjordsystem, og Haglsundet, som går sørover til der Salhusfjorden møter Osterfjorden. Fjorden strekker seg 3,5 km nordvestover til ei linje mellom Radtangen på Radøy i nord og Skarpeneset i sør. Like aust for dette ligg Alverstraumen som går nordover til Alversund.

E39 kryssar Haglsundet over den vel 600 meter lange Hagelsundbrua.