Klubben vart stifta i 1993 etter at klubbane Haugar og Djerv 1919 slo saman elitelaga sine, med målsetting om å skapa eit stabilt eliteserielag. I tillegg var fotballklubben Vard Haugesund aktuell til å delta i samanslåinga, men generalforsamlinga i klubben valde å stå utanfor. Laga i aldersklassane og for kvinner gjekk ikkje inn i den sameinte klubben. Hausten 2005 vart samtalane om å innlemma Vard teke opp att, og frå sesongen 2006 fyller Vard rolla som eit rekrutteringslag for Haugesund.
I den første sesongen i divisjonssystemet, 1994, vann klubben si 2. divisjonsavdeling. Dei to neste sesongane var laget i 1. divisjon, medan dei debuterte i eliteserien i 1997. FK Haugesund berga plassen i 1997, men i 1998 fekk dei sin første sportslege nedtur då dei rykte ned til 1. divisjon. Laget rykte rett opp att året etter, men det vart med eit år i den øvste divisjonen.
I 2004 rykte både FK Haugesund og Vard Haugesund ned frå 1. divisjon, og i 2005 spela båe laga i 2. divisjon. Haugesund rykte rett opp att. Tilhengjarane av laget er organisert i supportarklubben Maakeberget.
Noverande sesong
